Ia sempat juga menjadi pelatih kepala di tim terbaik Liga Eredivisie yaitu Ajax U 21 pada tahun 2009.
Kemudian pada periode 2014 hingga 2015, Pieter Huistra menjadi Direktur Teknik Timnas Indonesia. Kemudian pada tahun 2015 hingga 2016 , ia menjadi pelatih internal bagi Tim Garuda.
Selepas melatih Timnas, ia kemudian terbang ke Jepang untuk melatih tim Iwaki FC di J League 2.
Terakhir, ia menjadi pelatih kepala bagi tim yang pernah dibela Witan Sulaeman, AS Trencin pada tahun 2021-2022.
Kini Borneo FC Samarinda yang merekrut Pieter Huistra di Liga 1 musim 2022/2023. (GaluhId/Putra)