Sementara Grup BB ada Karo United FC Medan, Persikab Kabupaten Bandung, PS Siak dan Serpong City FC Tangerang Selatan.
Adapun, Grup CC ada Putra Delta Sidoarjo, Farmel FC Tangerang, Persikota Kota Tangerang dan Persipa Pati
Sedangkan Grup DD Liga 3 ada PSGC Ciamis, Persegres Gresik United, Persidago Gorontalo, dan Mataram Utama FC Yogyakarta.
Setiap tim akan bertanding tiga kali dalam babak grup 16 besar, yang artinya setiap klub akan bermain sekali melawan klub yang sama di tiap pool.
Dua tim teratas dari masing-masing grup berhak untuk promosi ke Liga 2 musim 2022 dan hanya juara pool saja yang lolos ke semifinal Liga 3 Nasional.
Untuk laga semifinal akan berlangsung pada 26 dan 27 Maret 2022, kemudian selang dua hari adalah babak pamungkas Liga 3 musim 2021/2022.
 siang. Untuk babak 16 besar ini,){kind=link}