Mereka yang tampil di babak 16 besar nasional yaitu tim yang menjadi juara dan runner up di babak 32 besar nasional yang terbagi rata ke 4 grup, mulai dari AA sampai DD.
Untuk venue pertandingan akan menggunakan dua stadion yang berada di wilayah Jawa Timur, yakni Gresik dan Sidoarjo.
Grup AA dan BB akan digelar di Stadion Joko Samudro, Gresik sementara Grup CC dan DD menempati Gelora Delta Sidoarjo.
Skema pelaksanaan Liga 3 2021 untuk babak 16 besar akan kick-off mulai Minggu (6/3/2022) dan digelar selama sepekan hingga 13 Maret 2022.
Nantinya juara dan runner-up masing-masing grup secara otomatis mendapatkan tiket promosi ke Liga 2 musim 2022.
Cukup unik untuk gelaran Liga 3 Nasional ini, dimana PSSI menghapus babak 8 besar sehingga hanya Juara grup yang lolos ke semifinal.